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內部控制管理辦公室
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  先進技術研究院 社會科學部 研究生院 繼續教育部
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  國內合作委員會辦公室 實驗室與設備管理部 網絡安全和信息化委员会办公室 總務部
  房地産管理部 基建工程部 審計室 科技開發部、産業技術研究院
  校辦産業管理委員會辦公室 學科建設辦公室 昌平校區管理辦公室 校友工作辦公室
  繼續教育学院 離退休工作部    
挂靠單位
  黨委辦公室校長辦公室: 督查室 網絡安全和信息化委员会办公室 標識管理辦公室
    法律事務辦公室 校園卡管理與結算中心 懷柔科學城研究院籌備辦公室
  黨委組織部: 黨校辦公室    
  黨委宣傳部: 新聞中心    
  學生工作部: 學生就业指导服务中心 青年研究中心 學生资助中心
    心理健康教育與咨詢中心    
  教務部: 教務長辦公室    
群團組織
  工會 團委    
直屬、附屬單位
  圖書館 檔案館 校史館 計算中心
  教師教學發展中心 教育基金會 出版社 校醫院
  深港産學研基地 首都發展研究院 會議中心 燕園社區服務中心
  燕園街道辦事處 北大附中 北大附小 幼兒園
  校園服務中心 餐飲中心 公寓服務中心 特殊用房管理中心
  動力中心